生物信息學

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1、蛋白功能注釋:

亞細胞結構定位、GO分類、KEGG通路途徑、蛋白結構域、蛋白復合物、KOG/COG分類、FunCate2分類。

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2、功能富集分析:

使用費歇爾確切檢驗方法,描述特定屬性蛋白群體(差異表達的蛋白、發生修飾的蛋白等)潛在調控的生理過程。分析包含:GO分類富集、KEGG通路富集、蛋白結構域富集、蛋白復合物富集。

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3、功能富集聚類分析:

使用分層聚類的方法,研究不同實驗處理條件下對特定屬性全蛋白群體調控生理過程的影響。

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4、表達模式聚類分析:

使用Mfuzz聚類方法對蛋白在不同處理條件(不同處理時間或藥物濃度)下表達譜的聚類分析。直觀的反應出處理時間或藥物濃度與蛋白表 達水平的關系。對得到的不同表達模式分類可以做進一步的功能富集聚類分析,揭示藥物潛在作用的蛋白與生理功能。

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5、修飾位點motif分析:

分析翻譯后修飾位點附近氨基酸分布情況,預測潛在與該種修飾類型相關的保守序列區間。通過與蛋白結構域的聯系,為研究該種修飾類型作用和調控機制研究提供參考依據。

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