4D--蛋白質組學

timsTOF Pro平臺加持,開啟高速度&高靈敏度&高通量&高覆蓋度蛋白質組學

4D--蛋白質組學?

Bruker?timsTOF Pro質譜平臺

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價格優惠:相比3D蛋白質組學,價格僅高500元!

結果豐富:完善的質控與分析流程,精確匹配定制個性化分析報告!

售后完善:專業小組指導數據挖掘,可指導文章寫作思路和方法校對!

產品全面:4D-label free、4D-DIA、4D-PRM、4D-修飾組學,近20種產品類型,國內相當豐富!

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完善的質控與分析流程,精確匹配定制個性化分析報告!

?標準分析主要結果展示

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高級分析主要結果展示(功能上下調分析)

4D--蛋白質組學4D--蛋白質組學4D--蛋白質組學

? ? ? ? ? ? ? DA-score? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? GSEA? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? SPIA

個性化分析主要結果展示(復雜關系可視化)

4D--蛋白質組學

? ? ? ? ? ? ? ? 復雜熱圖? ? ? ? ?多比較組氣泡圖? ? ? ? ? ? ? ?;鶊D? ? ? ? ? ? ? ? ?circos圈圖

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拜譜生物20種4D產品,相當豐富!

4D-label free、4D-DIA、4D-PRM、4D-修飾組學!

拜譜生物4D--蛋白質組學產品概覽


產品類型

采集模式

應用范圍

4D

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4D-label free

DDA+PASEF

適于各類樣本,尤其是微量樣品:細胞、血液、石蠟切片等

4D-DIA

DIA+PASEF

適于大規模樣本研究:臨床大對列樣本等

4D-PRM

PRM+PASEF

非靶蛋白組學數據可靠性驗證,biomarker或功能驗證

4D

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4D-棕櫚?;?/span>

DDA+PASEF

癌癥、心血管疾病、神經科學、病原體和寄生蟲;植物生長和抗逆;食品安全檢測

4D-亞硝基化

4D-氧化修飾

4D-廣譜磷酸化

響應脅迫:信號轉導、細胞周期、生長發育以及癌癥機理等

4D-酪氨酸磷酸化

4D-甲基化

表觀遺傳:癌癥、衰老、老年癡呆等疾病研究

4D-乙?;?/span>

修飾“代謝酶”,調節代謝通路,在代謝疾病中普遍存在

4D-泛素化

真核生物脅迫響應:癌癥、神經退行性疾病等研究

4D-糖基化

參與免疫應答、細胞凋亡及各種發病機理等生物學過程

4D-丙?;?/span>

表觀遺傳、心血管疾病、代謝疾病、腫瘤、結核病、炎癥、過敏性皮炎

4D-丙二?;?/span>

4D-戊二?;?/span>

4D-琥珀?;?/span>

4D-磷酸化PRM

PRM+PASEF

非靶蛋白組學數據可靠性驗證,biomarker或功能驗證

4D-乙?;疨RM

4D-泛素化PRM

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送樣指導

樣品類型

4D--蛋白質組學

4D-翻譯后修飾蛋白質組學

動物組織

≥10mg

≥50mg

植物組織

≥100mg

≥250mg

細胞樣品

≥3×10^6

≥1×10^7

血液、腦脊液等體液

≥50uL

體液不建議做修飾組學,推薦做血漿外泌體修飾組學

尿液

≥50mL

微生物類(菌類)

≥50mg

≥150mg

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...

...

基于timsTOF Pro質譜平臺,4D-蛋白質組學的核心技術

雙TIMS分析器:捕集離子淌度譜 (Trapped Ion Mobility Spectrometry, TIMS)

掃描模式:同步累積連續碎裂?(Parallel Accumulation Serial Fragmentation, PASEF)


TIMS分析器增加了離子淌度(Ion mobility)分離維度

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4D--蛋白質組學

第四維度離子淌度分離原理

4D--蛋白質組學

離子淌度是代表離子遷移速率特征的物理量?;陔x子的形狀和大小,不同肽段離子與氣流的碰撞截面積(Collision cross section,CCS)不同。離子CCS小,遷移速率快;離子CCS大,遷移速率慢,使得m/z無法分離的肽段通過離子淌度差異得以準確高效分離。

Meier F, et al.,?Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018.



雙TIMS & PASEF分析流程

4D--蛋白質組學

色譜分離→TIMS1累積→TIMS2淌度分離→同步四極桿質量過濾器→高速碰撞碎裂→飛行時間質量分析器

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PASEF技術:同步累積連續碎裂

肽段離子在TIMS1中累積并聚焦,在TIMS2中進行淌度分離并逐步釋放,經四極桿選擇后在碰撞池中碎裂。當肽段離子在TIMS2中分離釋放時,TIMS1會同步累積后續離子,稱為PASEF。PASEF技術使離子累積、淌度分離、四極桿選擇能同步進行,實現近乎100%的離子利用率。

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實驗流程

4D--蛋白質組學

Meier F, et al.,?diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.

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應用場景與技術優勢

1.常規定量蛋白質組學 ???????????????????

4D--蛋白質組學

近乎100%的離子利用率,更高的鑒定深度

掃描速度超過100Hz MS/MS,可對低豐度肽段多次選擇并碎裂,提高低豐度肽段的譜圖質量?

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2.微量樣品/單細胞蛋白質組學

4D--蛋白質組學

極高的靈敏度,更少的進樣量

雙TIMS與PASEF技術加持,靈?敏度全面提升,蛋白量僅需ng

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3.臨床大隊列蛋白質組學 ?? ? ? ? ? ? ??

4D--蛋白質組學

速度更快,重復性更好,穩定性更強? ? ? ? ?

速度提升使上機時長縮短,通量更高,有效降低空缺值使重復性更好,且儀器性能穩定??


?4.翻譯后修飾(PTM)蛋白質組學

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4D--蛋白質組學

?更強的分離能力,更高的準確度

?離子淌度CCS分離有效解決位點異構問題,使修飾位點鑒定更可靠

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案例分析

案例一:新冠肺炎早期免疫抑制研究

基于4D--DIA蛋白質組學技術,發現新冠患者感染早期表現出免疫抑制。進一步分析中度和重度患者后,首次提出“兩階段”的發病機制。該研究為了解臨床癥狀的分子機制以及后期治療策略提供了基礎。

4D--蛋白質組學4D--蛋白質組學

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?4D--DIA蛋白組研究思路? ? ? ? ? ? ? ? 新冠肺炎發病機制的“兩階段”模型

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Tian W, et al., 2020, Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. (nature communications, IF=14.9)

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拜譜生物收樣表下載:4D--蛋白質組學蛋白質組學送樣表(拜譜生物).docx


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